サイト売買の確定申告で経費にできるもの一覧｜見落としがちな控除項目と記帳のコツ【2026年版】

サイト売買で利益を得たとき、確定申告で経費を正しく計上できているでしょうか。仲介手数料や税理士への相談料、サーバー代など、申告で認められる経費は意外と多くあります。一方で「そんな費用も経費になるの？」という見落としや、「これは経費にできるのか？」という判断に迷う場面も少なくありません。

▶ 税理士選びのポイント

本記事では、売り手・買い手それぞれの視点から、サイト売買にかかわる経費の一覧を整理します。freee会計やマネーフォワード クラウドでの記帳方法、領収書の保管ルールも含めて解説しますので、確定申告前にぜひご確認ください。

※本記事の内容は一般的な税務情報の提供を目的としています。個別の税務判断は必ず税理士にご確認ください。

サイト売買で経費にできるものとは？基本の考え方

譲渡所得・事業所得・雑所得で認められる経費の範囲

サイト売買による収入は、その状況によって「譲渡所得」「事業所得」「雑所得」のいずれかに分類されます。所得の種類によって、認められる経費の範囲が異なります。

• 譲渡所得：売却価格から取得費（購入費用）と譲渡費用（売却にかかった費用）を差し引いた金額が課税対象。仲介手数料や弁護士費用などの「譲渡費用」が控除対象になります。
• 事業所得：サイト運営・売買を継続的・反復的に行っている場合に該当。事業に関連するさまざまな費用を必要経費として計上できます。
• 雑所得：事業所得ほど規模が大きくない場合に該当。収入を得るために直接要した費用を必要経費とします。

自分の取引がどの所得区分に該当するかは、取引の規模・頻度・継続性などによって判断されます。迷う場合は税理士へ相談することをおすすめします。詳しくはサイト売買の確定申告ガイドもあわせてご覧ください。

「売り手」が経費にできるものと「買い手」が経費にできるものの違い

サイト売買では、売り手と買い手では経費の性格がまったく異なります。

売り手にとっては「サイトを売るためにかかった費用」が中心であり、買い手にとっては「サイトを取得・運営するためにかかった費用」が経費の中心となります。税制全般の基礎はサイト売買の税金ガイドで詳しく解説しています。

売り手が経費計上できる項目一覧

仲介手数料・プラットフォーム利用料

サイト売買プラットフォーム（ラッコM&A、サイトM&A、Flippaなど）に支払う仲介手数料は、譲渡費用または必要経費として計上できます。一般的に成約価格の5〜10%程度が相場です。

プラットフォームによっては、出品登録料や月額利用料が発生する場合もあります。これらも経費として計上可能です。

弁護士・税理士への相談料

売却に際して弁護士への契約書レビュー費用や、税理士への税務相談費用が発生した場合、これらは経費として計上できます。

• 弁護士への契約書作成・レビュー費用 → 「支払手数料」または「外注費」
• 税理士への税務相談費用 → 「支払手数料」または「顧問料」

なお、個人の確定申告のみを目的とした税理士費用については、所得税法上の「雑費」として計上する場合もあります。判断が難しい場合は税理士に確認してください。

契約書の印紙代（紙契約の場合）

紙の契約書を使用する場合、収入印紙の貼付が必要です。サイト売買の契約書は「売買契約書」に該当し、売買金額に応じた印紙税がかかります。

印紙税は「租税公課」として経費計上できます。なお、電子契約サービス（クラウドサイン、電子印鑑GMOサインなど）を利用すれば印紙税が不要になります。電子契約の活用方法も参考にしてください。

サイト運営にかかった費用（サーバー代・ドメイン代・外注費など）

売却したサイトを運営するためにかかっていた費用は、事業所得・雑所得の必要経費として計上できます。ただし、個人利用分がある場合は按分が必要です。

確定申告を会計ソフトで効率化するための費用

freee会計やマネーフォワード クラウドなどの会計ソフトの利用料も、事業用であれば経費計上できます。月額・年額のサブスクリプション費用は「新聞図書費」または「支払手数料」として仕訳します。

▶ 会計ソフト3選

買い手が経費計上できる項目一覧

サイト購入費の取り扱い（取得価額として資産計上 vs 一括経費）

買い手にとって最も重要なのが、サイト購入費の会計処理です。サイトの購入費は「無形固定資産（のれん・ソフトウェア等）」として資産計上するのが原則ですが、金額や事業形態によって取り扱いが異なります。

サイトの取得費を資産計上する場合、「ソフトウェア」または「のれん」として処理する方法がありますが、どちらが適切かは実態によります。税理士への確認を強くおすすめします。詳しくは収支管理×会計ソフトの活用ガイドをご参照ください。

デューデリジェンス費用

サイトを購入する前に行うデューデリジェンス（DD）のための費用も経費計上できます。専門家への調査依頼費用、アクセス解析ツール費用、ビジネスアナリストへの外注費などが該当します。

• 弁護士・税理士へのDD依頼費用 → 「支払手数料」または「外注費」
• アクセス解析ツール（一時利用）→ 「支払手数料」
• 財務分析費用 → 「外注費」

なお、DDにかかった費用はサイトの「取得価額」に含めることもできます。取得価額に含める場合は、その後の減価償却を通じて費用化されます。

サーバー移行費用・ドメイン移管費用

サイト購入後に発生するサーバー移行費用やドメイン移管費用も経費として計上できます。

購入後のリニューアル・コンテンツ追加費用

サイト購入後に行うリニューアルやコンテンツ追加のための費用も、事業目的であれば経費計上できます。

• デザインリニューアル費用 → 「外注費」（大規模改修の場合は資産計上の可能性あり）
• 記事・コンテンツ外注費 → 「外注費」
• 機能追加・プログラム開発費 → 「ソフトウェア」として資産計上する場合も

大規模なリニューアルで将来にわたって効果が続くと判断される場合は、資本的支出として資産計上が必要なケースがあります。判断が難しいため、税理士への確認をおすすめします。

運営にかかる月次費用（サーバー・ツール・外注）

購入後のサイト運営にかかる月次費用は、継続的な必要経費として毎月計上します。

経費の見落としを防ぐ記帳のコツ

勘定科目の設定例（サイト売買特有の仕訳）

サイト売買では、一般的な事業経費とは異なる処理が必要なケースがあります。以下に代表的な仕訳例を示します。

仕訳の詳細は確定申告×会計ソフトの活用ガイドで詳しく解説しています。

freeeで経費を記帳する具体的手順

freee会計で経費を記帳する手順を説明します。

1. 「取引」メニューから「取引を登録」を選択する
2. 「支出」タブを選択し、日付・金額・取引先を入力する
3. 勘定科目を選択する（「支払手数料」「外注費」「通信費」など）
4. 備考欄に内容を詳しく記載する（例：「○○サイト売却仲介手数料」）
5. 領収書・請求書データを添付ファイルとしてアップロードする
6. 「登録」ボタンで保存する

freee会計では、銀行口座やクレジットカードを連携することで明細の自動取得が可能です。自動仕訳の確認・修正も画面上で行えます。

詳しくはfreee会計公式サイトをご確認ください。

マネーフォワード クラウドで経費を記帳する具体的手順

マネーフォワード クラウドで経費を記帳する手順を説明します。

1. 「取引」メニューから「手動取引を登録」を選択する
2. 取引タイプを「支出」に設定し、日付・金額を入力する
3. 勘定科目・補助科目を設定する
4. 摘要欄に取引の内容を記載する（例：「サイト売買プラットフォーム手数料」）
5. 証憑（領収書・請求書のスキャンデータ）をアップロードする
6. 「保存」で登録を完了する

マネーフォワード クラウドも金融機関連携による自動取込が可能です。取込後はAIによる自動仕訳提案を確認・修正して使用します。

領収書・請求書の保管ルール（電子帳簿保存法対応）

2024年1月から電子帳簿保存法の改正が完全施行され、電子取引データ（PDFやメールで届く請求書など）は電子データのまま保存することが義務付けられました。

電子保存の要件（電子取引データの場合）

• 日付・金額・取引先で検索できる状態で保存すること
• 改ざん防止措置が必要（タイムスタンプの付与、または訂正・削除の履歴が残るクラウドサービスの利用）
• 保存期間：法人は7年、個人事業主は5年（青色申告は7年）

紙の領収書・請求書の場合

• スキャンしてスマートフォンやクラウドに保存することも可能（一定の要件あり）
• 原本も一定期間の保管が必要なケースがある

freee会計やマネーフォワード クラウドはいずれも電子帳簿保存法に対応した機能を搭載しています。証憑ファイルをそのままクラウド上に保管・管理できます。

判断に迷ったら税理士に相談するのが安心

相談すべきタイミング

サイト売買の税務は、所得区分の判定や資産計上の要否など、判断が難しい場面が多く存在します。以下のようなケースでは、税理士への相談を検討してください。

• 売却額が100万円を超える場合
• 複数のサイトを同一年度内に売買している場合
• 事業所得・雑所得・譲渡所得のどれに該当するか不明な場合
• サイトを法人で売買している場合
• 購入費の資産計上・償却方法に迷っている場合
• 外注費の支払調書が必要かどうか分からない場合

サイト売買に強い税理士の探し方

一般的な税理士でもサイト売買の税務相談は可能ですが、インターネットビジネスやM&Aに詳しい税理士に相談するとより確実です。

税理士ドットコムでは、業種・得意分野でフィルタリングして税理士を検索できます。「ネットビジネス」「個人事業主のM&A」などのキーワードで探すのがおすすめです。

詳しい税理士の選び方はサイト売買に強い税理士の探し方・選び方をご参照ください。

まとめ：経費の計上漏れは「知らなかった」では済まない

関連記事

▶ バーチャルオフィス4選

サイト売買にかかわる経費は、売り手・買い手それぞれに多岐にわたります。仲介手数料や弁護士費用といった明確なものから、サーバー代・ドメイン代・外注費といった運営費まで、正しく申告することで納税額を適正化できます。

特に見落としが多いのが以下の項目です。

• プラットフォームの月額利用料（出品前からかかっている場合）
• DDや契約書レビューのための専門家費用
• 電子契約・クラウドサービスの利用料
• 確定申告のために使った会計ソフト代

経費の計上漏れは「知らなかった」では通りません。freee会計やマネーフォワード クラウドを活用して日頃から記帳を習慣化し、不明な点は税理士に相談するのが最善策です。

※本記事の内容は一般的な税務情報の提供を目的としています。個別の税務判断は必ず税理士にご確認ください。