サイト売買の確定申告ガイド｜個人の譲渡所得の計算方法と節税のポイント【2026年版】

Title: サイト売買の確定申告ガイド｜個人の譲渡所得の計算方法と節税のポイント【2026年版】
Status: publish
Content length: 9633 chars
—

※本記事は一般的な情報提供を目的としており、税務アドバイスではありません。具体的な申告手続きについては、税理士などの専門家にご相談ください。

サイトを売却して利益が出たとき、「確定申告って必要なの？」と疑問に思う方は少なくありません。結論から言うと、条件によっては確定申告が必要であり、申告漏れが発覚した場合には延滞税や加算税のペナルティが課される可能性があります。

本記事では、サイト売却で発生する譲渡所得の計算方法・税率・節税のポイントを、M&A実務経験者がわかりやすく解説します。「売却後にどう動けばいいかわからない」という方は、ぜひ最後までお読みください。

なお、サイト売却の基本的な流れについては 【完全ガイド】サイト売却の流れ5ステップ｜高く売るための準備とコツ も合わせてご参照ください。

サイト売却で確定申告が必要な人・不要な人

サイト売却による利益が「確定申告が必要かどうか」は、売主の属性（会社員・個人事業主・法人）と利益の金額によって異なります。

会社員（給与所得者）の場合

会社員の方がサイトを売却して得た利益は、原則として「譲渡所得」として扱われます。

• 譲渡所得が20万円を超える場合：確定申告が必要
• 譲渡所得が20万円以下の場合：所得税の確定申告は不要（ただし住民税の申告は必要。詳しくはFAQ参照）

「20万円以下だから大丈夫」と思っている方も、住民税の申告義務がある点には注意が必要です。

個人事業主の場合

個人事業主がビジネスとしてサイト運営・売買を行っている場合、売却益は「事業所得」として扱われることがあります。青色申告を行っている方は、青色申告特別控除（最大65万円）の適用も検討しましょう。

一方で、副業的に1件だけ売却したケースでは「譲渡所得」として扱われる場合もあります。自身の状況に合わせて、税務署や税理士に確認することをお勧めします。

法人の場合

法人がサイトを売却した場合、売却益は法人税の課税対象となります。損益計算書上で計上し、法人税申告書にて処理します。法人税の申告は複雑なため、税理士への相談を強くお勧めします。

譲渡所得の計算方法

個人（会社員・フリーランス）がサイトを売却して得た利益は、基本的に「譲渡所得」として計算します。

基本の計算式

譲渡所得の計算式
売却価格 ー（取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 譲渡所得

• 売却価格：サイトを売った金額（仲介手数料控除前）
• 取得費：サイトを取得・運営するためにかかったコスト
• 譲渡費用：売却にかかった仲介手数料・弁護士費用など

取得費として計上できるもの

取得費は、サイトの「原価」に相当する費用です。以下が代表的な計上項目です。

• サイトの購入費（他者から購入した場合）
• サイト制作費・デザイン費
• ドメイン取得費・サーバー代（運営期間分）
• コンテンツ制作費（外注ライター費用など）
• SEO対策費・広告費（運営に直接関連するもの）

これらの費用は、領収書・請求書などの証拠書類を保管しておくことが重要です。

取得費が不明な場合（概算取得費）

制作費用の記録がない・領収書を紛失したなど、取得費が証明できない場合は、「概算取得費」として売却価格の5%を使用することが認められています（所得税法第38条の規定に基づく）。

ただし、実際の取得費が5%を大きく上回る場合は、できる限り実費を証明した方が税負担を抑えられます。

具体的な計算例

月収5万円のブログを100万円で売却した場合を例に見てみましょう。

項目	金額
売却価格	1,000,000円
取得費（サーバー・ドメイン・ライター費等の合計）	200,000円
譲渡費用（仲介手数料）	50,000円
譲渡所得	750,000円

この場合、750,000円が課税対象の譲渡所得となります。なお、譲渡所得には特別控除50万円が適用できる場合があります（短期・長期の区分や他の譲渡所得との合算状況によって異なります）。

サイトの売却価格の相場については、サイトM&Aの相場は？売却価格の決め方と適正価格の算出方法【初心者向け】 もご参照ください。

税率と税額のシミュレーション

個人がサイト売却で得た譲渡所得は、原則として「総合課税」の対象です（土地・建物・株式等とは異なります）。給与所得など他の所得と合算して、累進税率で課税されます。

所得税の税率（2026年3月時点）

課税される所得金額（合算後）	所得税率	控除額
195万円以下	5%	0円
195万円超〜330万円以下	10%	97,500円
330万円超〜695万円以下	20%	427,500円
695万円超〜900万円以下	23%	636,000円
900万円超〜1,800万円以下	33%	1,536,000円
1,800万円超〜4,000万円以下	40%	2,796,000円
4,000万円超	45%	4,796,000円

これに加えて住民税10%が課税されます（復興特別所得税2.1%も別途）。

課税所得別の概算税額（所得税＋住民税）

以下は、給与所得（年収400万円・課税所得200万円と仮定）に譲渡所得が上乗せされた場合の概算です。

譲渡所得（特別控除後）	概算所得税（10〜20%帯）	住民税（10%）	合計税負担の目安
50万円	約5〜10万円	約5万円	約10〜15万円
100万円	約10〜20万円	約10万円	約20〜30万円
300万円	約40〜60万円	約30万円	約70〜90万円
500万円	約80〜120万円	約50万円	約130〜170万円

上記はあくまで目安です。各種控除・扶養状況などにより実際の税額は異なります。正確な計算は税理士にご相談ください。

確定申告に必要な書類

確定申告を行う前に、以下の書類を準備しておきましょう。書類が揃っていないと申告が遅れたり、税務調査の際に不利になることがあります。

必須書類一覧

• 事業譲渡契約書：売却の事実・金額を証明する最重要書類。必ずコピーを保管してください。
• 売却代金の振込記録：銀行の入金明細・振込通知書など
• 取得費の領収書・請求書：サーバー代、制作費、ライター費用などの証拠書類
• プラットフォームの手数料明細：ラッコM&Aなど各種仲介サービスの請求書・明細
• 確定申告書B：給与所得者が副業所得を申告する場合に使用
• 第三表（分離課税用）：状況によっては不要な場合もありますが、必要か確認しておきましょう

なお、サイト売却の手続き全体については、【完全ガイド】サイト売却の流れ5ステップ で詳しく解説しています。

節税のポイント

合法的な範囲で税負担を軽減するために、以下のポイントを押さえておきましょう。

1. 経費（譲渡費用）をしっかり計上する

売却にかかった費用は譲渡費用として控除できます。見落としがちな費用も含めて確認しましょう。

• 仲介プラットフォームへの成功報酬・手数料
• 売買交渉に使った弁護士・司法書士費用
• サイト移転・データ引き渡しにかかった技術費用
• 契約書作成費用

▶ 経費にできるもの一覧

2. 取得費を実費で計上する

概算取得費（売却価格の5%）は手軽ですが、実際の取得費が5%を超える場合は実費計上の方が節税になります。サーバー代・ドメイン代・ライター費用などの領収書は、運営期間中から保管する習慣をつけましょう。

3. 赤字が出た場合の損益通算

サイトを購入して売却したものの損失が出た場合、他の所得（給与所得など）との損益通算が可能な場合があります。ただし、譲渡所得の損益通算には一定のルールがあるため、税理士への相談をお勧めします。

4. 青色申告特別控除の活用（個人事業主向け）

個人事業主として青色申告をしている場合、売却益が事業所得に該当すれば青色申告特別控除（最大65万円）を活用できる可能性があります。e-Taxを利用した電子申告が要件となっています。

5. 翌年の住民税に注意

所得税の確定申告をすると、翌年度の住民税に反映されます。サイト売却で大きな収益が出た年は、翌年の住民税が高くなることを見越して資金計画を立てておきましょう。

サイト売買に関する税金の全体像については、サイト売買の税金・確定申告ガイド｜個人・法人別に徹底解説【2026年版】 もご参考ください。

▶ 確定申告をfreee・マネフォで完結する方法

確定申告の具体的な手順（個人の場合）

初めて確定申告を行う方のために、申告の流れをステップごとに説明します。

Step 1：必要書類を揃える

前述の「必要書類一覧」を参考に、事業譲渡契約書・振込記録・取得費の領収書などを一式揃えます。取得費が不明な場合は概算取得費（5%）を使用することも検討します。

Step 2：国税庁のe-Taxで申告書を作成

国税庁のe-Tax にアクセスし、「確定申告書等作成コーナー」から申告書を作成します。マイナンバーカードとICカードリーダーがあればオンラインで完結します。

Step 3：所得の種類を選択する

申告書作成時に「所得の種類」を選択する画面で、「譲渡所得」を選びます（個人事業主で事業所得として申告する場合は「事業所得」を選択）。売却価格・取得費・譲渡費用を入力すると、譲渡所得が自動計算されます。

Step 4：提出・納税

申告書が完成したら、e-Taxで電子提出するか、管轄の税務署に持参・郵送で提出します。納税は振替納税・クレジットカード・コンビニ納付など複数の方法が選べます。

申告期限と納税期限

区分	期限
確定申告期間	翌年2月16日〜3月15日
所得税の納税期限	翌年3月15日まで
振替納税（口座引き落とし）	翌年4月中旬頃

例えば、2025年中（2025年1月〜12月）にサイトを売却した場合、申告期限は2026年2月16日〜3月15日です。期限を過ぎると無申告加算税が課される場合があります。

よくある質問（FAQ）

Q：20万円以下の利益なら確定申告は不要ですか？

A：所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告が別途必要になる場合があります。

給与所得者の「所得税の確定申告不要制度」により、副業収入（譲渡所得を含む）が年間20万円以下であれば所得税の申告は不要です。しかし、住民税には同様の特例がないため、市区町村に住民税の申告を行う必要があります。申告を怠ると、後日追徴課税される可能性があります。

Q：サイト売買の仲介手数料は経費（譲渡費用）として計上できますか？

A：はい、計上できます。

ラッコM&AやSite Stockなどの仲介プラットフォームへの成功報酬・手数料は、売却に直接かかった費用として譲渡費用に計上できます。請求書・明細書を必ず保管しておきましょう。

Q：法人化してから売却した方が節税になりますか？

A：ケースによって異なります。

法人税率（実効税率約30〜35%）と個人の所得税率を比較し、法人化が有利になるかどうかは個人の課税所得の水準によります。一般的に、課税所得が高い方（概ね課税所得が800万円を超えるケース）は法人化のメリットが大きい場合があります。ただし、法人化には設立費用・維持コスト・事務負担も発生するため、税理士と相談のうえ判断することをお勧めします。

Q：サイトを複数まとめて売却した場合はどう申告しますか？

A：各サイトの売却を個別に計算し、合算して申告します。

複数サイトをまとめて売却した場合も、それぞれの取得費・譲渡費用を明確にし、個別に譲渡所得を計算したうえで合算します。複雑になる場合は、税理士への依頼を検討してください。

Q：申告期限を過ぎてしまった場合はどうすればいいですか？

A：期限後でも申告（期限後申告）は可能です。

申告期限（3月15日）を過ぎた場合でも、自主的に期限後申告を行うことで加算税が軽減される場合があります。気づいたら早めに申告することが重要です。税務署から指摘を受ける前に自主的に申告することで、無申告加算税（15〜20%）を回避できる可能性があります。

やよいの青色申告 オンライン

クラウド会計ソフトの中で売上実績No.1を誇る弥生シリーズ。「やよいの青色申告 オンライン」は初年度無料で使えるプランがあり、確定申告が初めての方でも安心して始められます。電話・チャットのサポート体制も充実しています。