サイト売却後の確定申告をfreee・マネーフォワード クラウドで完結する方法【2026年版】

—

title: サイト売却後の確定申告をfreee・マネーフォワード クラウドで完結する方法【2026年版】

slug: site-sale-tax-return-accounting-software

—

サイトを売却して得た資金は、確定申告の対象になるケースがほとんどです。しかし、「どの所得区分で申告すればよいのか」「会計ソフトにはどう入力するのか」という点で迷う方は少なくありません。

本記事では、freee会計とマネーフォワード クラウド確定申告を使って、サイト売却益の記帳から申告書作成までを実務ベースで解説します。売却金額500万円・手数料25万円の具体例を軸に、手順を順を追って確認していきましょう。

—

1. サイト売却で確定申告が必要になるケース

個人（給与所得者）の場合

会社員がサイトを売却し、売却益が生じた場合は原則として確定申告が必要です。ただし、以下の条件をすべて満たす場合は申告不要となります。

• 給与収入が2,000万円以下
• 売却益を含む給与以外の所得の合計が年間20万円以下

たとえば、売却益が15万円しか出なかった給与所得者であれば申告不要ですが、売却益が20万円を超える場合は申告が必要になります。なお、所得税は不要でも住民税の申告が必要なケースがある点には注意が必要です。

個人事業主・フリーランスの場合

個人事業主・フリーランスは、事業所得と合わせて確定申告（青色または白色）を行います。サイト売却益の所得区分によって申告書への記載箇所が変わるため、後述の所得区分の整理を先に確認してください。

法人の場合

法人がウェブサイトを売却した場合は、通常の損益として法人税の計算に組み込まれます。売却収入は法人の益金（雑収入など）として計上し、法人税申告書を通じて申告します。消費税の課税事業者であれば、売却代金に対して消費税も課税される点も確認が必要です。

申告が不要になるケース

• 売却によって利益が出なかった（売却損）
• 給与所得者で売却益が20万円以下（ただし住民税申告は別途必要な場合あり）
• 趣味として運営していたサイトの売却で、他の所得と合計しても一定額に満たない場合

—

2. 売却益はどの所得区分に当たるか

3つの所得区分の整理

サイト売却益の所得区分は、売却の状況によって「譲渡所得」「雑所得」「事業所得」のいずれかに分類されます。

譲渡所得

個人が自分で運営していたウェブサイトを売却する場合、原則として譲渡所得に分類されます。サイトはウェブ上の資産とみなされ、取得費と譲渡費用を控除した後の利益に課税されます。

所有期間が売却した年の1月1日時点で5年以内であれば「短期譲渡所得」、5年超であれば「長期譲渡所得」となります。長期譲渡所得の場合は課税対象額が2分の1になる優遇があります。また、短期・長期を合算した譲渡所得には年間50万円の特別控除が適用されます。

雑所得

継続的にサイトを売買している（転売が主な収入源ではないが一定の頻度で行っている）場合や、副業として位置づけられる場合は雑所得に分類されることがあります。雑所得は他の所得との損益通算ができないため、譲渡所得より税務上の柔軟性が低くなります。

事業所得

サイト売買を事業として反復継続して行っている個人事業主の場合は、事業所得に分類される可能性があります。事業所得は他の所得との損益通算が可能で、青色申告特別控除も利用できます。

判断の目安

状況	主な所得区分
個人が自分のサイト（1件）を売却	譲渡所得
副業として複数サイトを売買	雑所得または事業所得
サイト売買を事業として継続展開	事業所得
法人がサイトを売却	法人の益金（法人税対象）

所得区分の判断は状況によって異なります。判断に迷う場合は税務署や税理士に確認することをお勧めします。

譲渡所得の計算式

“`

譲渡所得 ＝ 売却価格 ─（取得費 ＋ 譲渡費用）─ 特別控除額（最大50万円）

※長期譲渡所得の場合：上記の2分の1が課税対象

“`

具体例（売却500万円・手数料25万円・取得費80万円・所有期間3年の場合）

“`

500万円 ─（80万円 ＋ 25万円）─ 50万円 ＝ 345万円（課税対象の譲渡所得）

“`

—

3. freee会計で売却益を記帳する手順

前提：freee会計とは

freee会計は、個人事業主から法人まで対応したクラウド会計ソフトです。銀行口座・クレジットカードとの自動連携機能を持ち、確定申告書類の自動作成にも対応しています。

手順1：アカウントの準備と初期設定

freee会計にログイン後、「事業所の設定」から申告区分（青色・白色）、事業開始日などを設定します。個人の譲渡所得を申告する場合、事業所得欄以外の「その他の所得」入力も必要になるため、初期設定時に所得種別を確認しておきましょう。

手順2：取引の登録（仕訳の入力）

売却代金が銀行口座に入金された場合、「自動で経理」または「取引の登録」メニューから入力します。

仕訳例：売却代金500万円、手数料25万円を仲介会社が差し引いて475万円が入金された場合

借方	金額	貸方	金額	備考
普通預金	4,750,000円	事業主借	5,000,000円	売却代金受取
支払手数料	250,000円			仲介手数料

個人事業主が譲渡所得として処理する場合、売却代金そのものは「事業主借」（個人の資金が事業口座に入ったとみなす処理）で受け取り、手数料を支払手数料として計上する方法が一般的です。

ただし、譲渡所得は確定申告書の「譲渡所得の内訳書」で別途申告するため、freee会計の帳簿上は売却収入と手数料を記録しつつ、申告書作成時に譲渡所得として入力します。

手順3：確定申告書への反映

freee会計の「確定申告」メニューから「所得税申告書類の作成」を開き、「総合譲渡所得」の項目に以下を入力します。

• 収入金額：5,000,000円（売却代金）
• 取得費：サイト制作費用など（例：800,000円）
• 譲渡費用：2,500,000円（仲介手数料）
• 所有期間の区分：短期（5年以内）または長期（5年超）

freee会計は入力した金額をもとに譲渡所得額を自動計算し、確定申告書第一表の「総合譲渡」欄と第二表に自動反映します。

手順4：e-Taxで提出

申告書の内容を確認後、freee会計からe-Tax（電子申告）で直接提出できます。マイナンバーカードとICカードリーダー、またはID・パスワード方式で申告が完結します。

—

4. マネーフォワード クラウド確定申告で売却益を記帳する手順

前提：マネーフォワード クラウド確定申告とは

マネーフォワード クラウド確定申告は、個人事業主・フリーランス向けのクラウド確定申告ソフトです。2,300以上の金融機関・サービスと連携でき、取引明細の自動取得に対応しています。白色申告・青色申告の両方に対応し、e-Taxでの電子申告も可能です。

手順1：初期設定

マネーフォワード クラウド確定申告にログイン後、「確定申告書の設定」から申告方法（青色・白色）、申告年度、電子申告の有無などを設定します。

手順2：仕訳の入力

「仕訳帳」または「取引入力」メニューから、売却関連の取引を入力します。

仕訳例：売却代金500万円・手数料25万円・入金475万円の場合

借方	金額	貸方	金額	備考
普通預金	4,750,000円	事業主借	5,000,000円	サイト売却代金
支払手数料	250,000円			仲介手数料（消費税込）

銀行口座を連携している場合は、入金明細が自動取得されます。その明細に対して勘定科目と金額の内訳を手動で割り当てる形で処理します。

手順3：譲渡所得の入力

マネーフォワード クラウド確定申告では、事業所得以外の所得は「確定申告書の作成」画面から個別に入力します。

「所得の入力」→「譲渡所得」を選択し、以下を入力します。

• 資産の種類：その他（ウェブサイト）
• 所有期間：短期または長期
• 収入金額：5,000,000円
• 取得費：（例）800,000円
• 譲渡費用：250,000円（仲介手数料）

入力後、マネーフォワード クラウド確定申告が譲渡所得額と特別控除後の課税額を自動計算し、確定申告書の該当欄に反映します。

手順4：申告書の確認と提出

「確定申告書の確認」画面で申告内容を確認後、e-Taxで電子申告します。マイナンバーカードを使った電子署名またはID・パスワード方式で提出が完結します。提出後、受付番号が発行されます。

—

5. 仲介手数料・経費として計上できるコスト一覧

サイト売却に際して発生するコストの中で、譲渡費用または必要経費として計上できるものと、できないものを整理します。

譲渡費用として計上できるもの

費用の種類	具体例	備考
仲介手数料	サイト売買プラットフォームへの手数料	売却金額の5〜10%程度が相場
収入印紙代	売買契約書に貼付する印紙代	契約金額に応じた印紙税額
弁護士・司法書士費用	売買契約書の作成・確認費用	直接売却に関わる費用に限る
エスクロー手数料	第三者決済サービスの手数料	売買に付随するものに限る
サーバー・ドメイン移管費用	移管に直接かかる実費	売却のために発生した費用

取得費として計上できるもの

費用の種類	具体例
サイト制作費用	外注費、テーマ購入費、ドメイン取得費
既存サイトの購入代金	そのサイトをいくらで取得したか
コンテンツ制作費用	外注ライター費用など（資産計上分）

注意：取得費が不明な場合

サイトを自作して取得費の証明が難しい場合、売却価格の5%を概算取得費として用いる「5%ルール」が認められています。ただし実際の取得費が5%を上回る場合が多いため、できる限り領収書や発注履歴を保管・確認しておくことが重要です。

計上できないもの

• サイト運営中の経費（すでに事業所得・雑所得の経費として計上済みのもの）
• 売却後に発生した費用
• 個人的な支出（交通費でも売却交渉と無関係なもの）

—

6. 申告期限・納税スケジュールの確認

2025年分（令和7年分）の申告スケジュール

2025年1月1日〜12月31日に発生したサイト売却益は、2026年に確定申告が必要です。

手続き	期限
所得税の確定申告・納税	2026年2月16日（月）〜3月16日（月）
消費税の申告・納税（個人）	2026年3月31日（火）まで
振替納税（所得税）	2026年4月23日（木）予定
振替納税（消費税）	2026年4月30日（木）予定

2025年分の確定申告について、3月15日が日曜日のため申告期限が3月16日（月）に繰り延べになっています。

住民税の納税

確定申告を行うと、その情報が各自治体に共有され、住民税（所得割）が自動で計算されます。納付書は例年6月頃に自宅に届きます。確定申告書とは別に住民税の申告を行う必要は原則としてありません。

期限を過ぎた場合のペナルティ

申告期限を過ぎた場合は以下のペナルティが発生します。

• 無申告加算税：本来の税額の15〜20%（自主的に申告した場合は5%）
• 延滞税：未納税額に対して年利最大14.6%
• 青色申告特別控除の減額：65万円控除が10万円控除に減額

期限内の申告・納税が確実に行えるよう、売却が完了した時点から早めに記帳と証拠書類の整理を進めることを推奨します。

予定納税に注意

前年の確定申告で納めた所得税が15万円以上だった場合、当年の7月と11月に「予定納税」として前払いが発生します。サイト売却益によって前年の納税額が大きくなった場合、翌年に予定納税通知書が届く可能性があります。

—

やよいの青色申告 オンライン／やよいの白色申告 オンライン

弥生シリーズは、クラウド会計ソフトの中で売上実績No.1を誇るサービスです。「やよいの白色申告 オンライン」はずっと無料で使えるフリープランがあり、まずは無料で確定申告を始めたい方に最適です。「やよいの青色申告 オンライン」も初年度は無料で使えるキャンペーンを実施中です。

あわせて使いたいツール：Misoca（ミソカ）

サイト売却時には、確定申告の手続きと並行して請求書・領収書の作成・管理が必要になるケースがあります。特に法人間の取引や、仲介会社を通じた売買では、正式な請求書の発行を求められることも少なくありません。そこで活用したいのが、弥生株式会社が提供するクラウド請求書作成サービス「Misoca（ミソカ）」です。

Misocaの主な特徴

• 請求書・見積書・納品書をクラウドで作成・管理：ブラウザ上で操作でき、インストール不要。作成した書類はPDFで出力・送付が可能です。
• 月間5通まで無料プランあり：サイト売却に伴う書類発行が数通程度であれば、無料の範囲内で対応できます。
• 豊富なテンプレート：請求書・見積書・納品書など用途に合わせたテンプレートが揃っており、短時間で書類を仕上げることができます。
• 弥生会計・マネーフォワード クラウド確定申告と連携対応：作成した請求書データを会計ソフトに連携でき、記帳の二重入力を防ぎます。
• 電子帳簿保存法対応：電子データとして適法に保存・管理できるため、書類の紙保管が不要になります。

サイト売買における活用シーン

サイト売却の場面では、次のような書類の作成・管理にMisocaが役立ちます。

• 買主への売却代金の請求書発行（個人間・法人間どちらにも対応）
• 譲渡に伴う作業費用・引き継ぎ費用の見積書・請求書の作成
• 売却後の確定申告に備えた書類の電子管理・アーカイブ

freee会計やマネーフォワード クラウド確定申告と合わせてMisocaを活用することで、請求書の発行から記帳・確定申告までの一連の流れをクラウド上で完結させることができます。

7. まとめ：会計ソフトを使えば申告の手間は最小化できる

サイト売却後の確定申告は、所得区分の判断と記帳方法さえ押さえれば、会計ソフトを使って大部分の手続きをスムーズに進めることができます。

本記事の要点を整理します。

• 個人によるサイト売却は原則として譲渡所得に分類され、取得費と仲介手数料を控除した上で年間最大50万円の特別控除が適用される
• 反復継続的なサイト売買や副業的な位置づけでは、雑所得または事業所得に分類されることがある
• freee会計では「総合譲渡所得」の項目から収入・取得費・譲渡費用を入力し、確定申告書に自動反映できる
• マネーフォワード クラウド確定申告では「譲渡所得」の入力画面から同様の手順で対応可能
• 仲介手数料・印紙代・移管費用などは譲渡費用として計上できる
• 2025年分の申告期限は2026年3月16日（月）

取得費の証明書類（外注費の領収書、制作会社への発注書など）は売却後も保管しておくことが重要です。確定申告ソフトを活用することで、計算の自動化・申告書の自動生成・e-Taxでの電子提出まで一元管理が可能になります。

所得区分の判断や消費税の取り扱いに不明点がある場合は、税務署への事前確認や税理士への相談を検討してください。

—

関連リンク

• freee会計（公式）：

  詳しくはfreee会計公式サイトをご確認ください。

• マネーフォワード クラウド確定申告（公式）：

  詳しくはマネーフォワード クラウド確定申告 公式サイトをご確認ください。

• 国税庁「譲渡所得の計算」：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/joto.htm
• 国税庁「確定申告特集」：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/index.htm

---

M&Aのご相談もお受けしています｜運営者の「ゆるM&Aラボ」は本業でIT・Web系のM&Aアドバイザーとして活動しています。サイト売買に限らず、IT事業全般の売却・譲渡についてお気軽にご相談ください。→ M&A相談フォームはこちら